Berlatar di Sebuah Kota Akademi, Tokyo, sebuah kota yang sangat maju dan lebih dari 80% penduduk disana adalah pelajar. Berfokus untuk kemajuan ilmu pengetahuan dan Tujuan utama kota mereka didirikan ialah melatih dan meneliti tentang kekuatan esper. Bercerita tentang seorang siswi Misaka Mikoto, ia merupakan epser ketiga terkuat dari ketujuh esper yang ada dikota, mereka berada di level 5. Beserta dengan ketiga temannya yang lain, Shirai Kuroko, Uiharu Kazari, dan Saten Ruiko. Berkisah tentang kehidupan mereka dikota dan mereka juga saling bekerja sama dalam menangani permasalah-permasalahan yang terjadi dikota, dan mungkin sedikit demi sedikit akan mengungkap suatu rahasia besar yang tersembunyi serta petualangan menarik lainnya.