Arei no Kagami: Way to the Virgin Space berpusat pada Daichi Meguru dan Mayu yang merupakan seorang anak laki-laki dan seorang pilot. Saat mereka melarikan diri dari planet yang dilanda perang dan ke luar angkasa. Dan dalam perjalanan di kapal mereka ada sebuah robot bernama Zero. Mereka bertiga bergabung dengan pencarian mereka saat mereka melakukan perjalanan melalui Halley’s Mirror.