Arknights: Fuyukomori Kaerimichi musim ke-2 dari anime Arknights, di daratan Terra, bencana alam yang tak diketahui penyebabnya terjadi secara acak di berbagai tempat. Sebagian besar orang tinggal di kota-kota bergerak yang telah dikembangkan selama bertahun-tahun untuk menghindari bencana alam. Batu sumber energi besar yang tertinggal setelah bencana alam berkontribusi pada kemajuan peradaban, tetapi juga membawa penyakit yang tak tersembuhkan.

Orang yang terinfeksi penyakit itu seacara bertahap tubuh mereka mengkristal, dan ketika meninggal, mereka menjadi sumber infeksi baru. Orang-orang yang tertindas dan perusahaan farmasi “Rhodes Island” yang meneliti obat untuk penyakit tersebut, mengangkat senjata untuk menyelamatkan semua orang dari penyakit dan menempuh jalannya sendiri.