Babylon anime ini berpusat pada Seizaki Zen yang merupakan penuntut umum di distrik tokyo. Ketika dia dan tim nya melakukan penggeledahan terhadap sebuah perusahaan farmasi yang melakukan hal kotor. Zen terjebak ke sebuah kasus yang sangat berbahaya dan membingungkan.

Ketika dia terus menggali tentang kebenaran di balik kasus yang dia tangani, semakin gelap hal yang dia lihat. Zen mulai mengungkap plot tersembunyi di balik pemilihan walikota yang sedang berlangsung. Berkaitan dengan banyak orang penting di pemerintahan yang terlibat dalam pemilihan dan bahkan orang-orang yang ada di sekitar nya sendiri. Kasus ini semakin parah dan mendorong Zen masuk kedalam badai korupsi yang tidak terduga dan penipuan di balik pemilihan, pembentukan distrik Shiniki, dan wanita misterius yang terkait dengan itu semua.