Baka to Test to Shoukanjuub berkisah tentang kehidupan siswa paling “Bego” sejepang bernama Yoshii Akihisa. Akihisa bersekolah di sebuah sekolah yang memiliki suatu sistem pelajaran yang cukup unik di kelas dua mereka akan di bagi menjadi 6 kelas dari A sampai dengan F dan setiap kelas memiliki fasilitas yang berbeda kelas A layak seperti hotel bintang lima yang memiliki fasilitas supermewah dan sebaliknya kelas F yang diisi oleh murid paling bego adalah kelas paling hancur bahkan dindingnya pada retak dan kelasnya sangat tidak layak.

Pada ujian kenaikan kelas dua Akihisa mengikuti ujian di satu kelas nya ada cewe populer dan juga pintar bernama Himeji Mizuki (dan tentunya dia sangat jago masak) yang kurang enak badan dan pingsan otomatis gadis tersebut tidak bisa mengikuti ujian dan masuk kekelas F yang diisi orang bodoh dan sekelas dengan Akihisa. Akihisa yang merasa di kejami dengan sistem sekolahnya lalu dia mengajak sohibnya untuk melakukan pertarungan antar kelas supaya bisa mendapatkan fasilitas kelas A. Apa perjalanan Akihisa dengan temen-temen sekelas nya mampu mengalahkan semua kelas dan mendapatkan fasilitas yang layak?

Mirror : Meguminime