Boku no Hero Academia the Movie 3: World Heroes’ Mission menceritakan tentang doktrin Teori Kiamat Bakat, kelompok ideologis Humarise yakin bahwa semua manusia yang memiliki bakat adalah penyakit dan harus dibasmi. Untuk membangun kembali dunia, kelompok ekstremis telah menciptakan perangkat mematikan yang dikenal sebagai “Bom Pemicu” yang menyebabkan orang-orang yang memikili bakat akan kehilangan kendali dan mati.

Pemimpin mereka, Flect Turn, menghindari penangkapan dari Pahlawan Pro yang dikerahkan di seluruh dunia. Selama magangnya di negara Otheon dengan Pro Hero nomor satu Jepang, Midoriya “Deku” Izuku dituduh melakukan kejahatan yang tidak dilakukannya. Tanpa sengaja melibatkan Roddy Soul, seorang warga lokal, Deku pun terpaksa harus melakukan pelarian dengan bocah itu.Rody, Deku, dan teman sekelas Deku harus bekerja keras untuk menghentikan rencana Bom Pemicu yang digerakkan oleh Flect, sambil menghindari anggota Humarise yang gigih lainnya.