Bouken Ou Beet Excellion Ini adalah Abad Kegelapan, masa ketika umat manusia menderita di bawah kekuasaan iblis bernama Vandel, makhluk kejam yang mampu mengendalikan para monster. Untuk melawan mereka, dibentuklah kelompok pemburu iblis yang dikenal sebagai Vandel Busters. Di antara para pemburu tersebut, Pasukan Zenon tersohor sebagai kelompok terkuat di seluruh benua.

Seorang anak laki-laki bernama Beet bermimpi suatu hari bisa bergabung dengan Pasukan Zenon. Namun, sebuah tragedi terjadi—akibat kesalahannya, Pasukan Zenon dikalahkan oleh iblis Beltose. Dalam keadaan sekarat, kelima anggota Pasukan Zenon mengorbankan seluruh kekuatan hidup mereka dan menuangkannya ke dalam lima senjata legendaris bernama Saiga. Setelah menyerahkan senjata-senjata itu kepada Beet, mereka pun menghembuskan napas terakhir.

Bertahun-tahun kemudian, Beet tumbuh menjadi seorang Vandel Buster muda. Dengan tekad yang kuat, ia memulai petualangannya untuk meneruskan kehendak Pasukan Zenon dan mengakhiri Abad Kegelapan yang menyelimuti dunia.