Bukiyou na Senpai menceritakan kisah Azusa Kannawa, seorang karyawan kantoran yang dikenal cantik namun memiliki kepribadian tegas dan sedikit menakutkan. Di balik penampilannya yang kuat, Azusa sebenarnya adalah seseorang yang canggung dalam bersosialisasi dan kesulitan mengekspresikan perasaan dengan jujur.

Suatu hari, ia ditugaskan untuk membimbing karyawan baru, Yuu Kamegawa, yang baru bergabung di perusahaan. Berbeda dari Azusa, Kamegawa adalah pria muda yang ramah, sedikit kutu buku, dan mudah diajak bicara. Sikapnya yang polos dan tulus perlahan membuat dinding dingin Azusa mulai retak.

Saat hari-hari mereka dipenuhi interaksi kerja yang lucu dan canggung, Azusa mulai menyadari bahwa hatinya berubah. Ia ingin menyampaikan perasaannya, tapi sulit baginya untuk jujur terhadap diri sendiri. Mampukah Azusa mengatasi rasa canggungnya dan menyatakan perasaannya pada juniornya yang manis itu?