Chuuzenji-sensei Mononoke Kougiroku: Sensei ga Nazo wo Hodoite Shimau kara. Sekolah, makhluk gaib, dan misteri bersatu dalam kisah ini—sebelum Kyougokudou, sang pemuja arwah, membuka toko buku tuanya. Cerita berlangsung di Tokyo pada tahun 1948, tak lama setelah Perang Dunia II berakhir.

Kusakabe Kanna, seorang siswi yang baru naik ke tahun kedua di SMA barunya, bertemu dengan guru bahasa Jepang yang baru saja ditugaskan: Chuuzenji Akihiko. Sejak pertemuan itu, hal-hal aneh mulai terjadi di sekeliling Kanna—kejadian-kejadian ganjil yang berhubungan dengan dunia gaib dan hal-hal mistis. Seperti biasa, Kanna melangkah ke ruang persiapan perpustakaan, di mana Pak Chuuzenji yang selalu tampak suram telah menantinya, meminta bantuan dalam urusan yang tak biasa.

Dengan latar sekolah yang penuh nuansa misteri, dimulailah kisah supranatural antara seorang guru dan murid dalam hubungan yang tak biasa—terikat oleh rahasia dan dunia yang tak terlihat oleh orang lain.