Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen – Zetsubou-hen bercerita tentang SMA Kibougamine adalah sekolah yang spesial , diakui oleh pemerintah , dibentuk untuk mengumpulkan murid-murid cerdas dari berbagai bidang ilmu . Sekolah ini punya dua jurusan , jurusan utama dan jurusan persiapan . Mereka yang punya uang bisa masuk jurusan persiapan , meski tak punya kemampuan khusus . Di Jurusan utama kelas 77 berisikan murid-murid yang tidak hanya memiliki kemampuan unik tapi juga kepribadian yang unik .

Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen – Kibou-hen sendiri bercerita tentang final dari seri anime ini yang akan ketahuan siapa di balik dalam kekacauan yang amat parah yang terjadi di seluruh dunia dan sudah memakan banyak nyawa orang yang tidak berdosa .