Detective Conan bercerita dan berpusat pada Shinichi Kudou , seorang detektif muda berusia tujuh belas tahun , sudah terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus besar . Suatu hari , ketika Shinichi melihat dua orang yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka , dia secara tidak sengaja menjadi saksi atas aktivitas ilegal yang sangat merugikan orang lain . sayang nya Shinichi ketahuan dan mereka pun menanggkapnya , setelah mereka menangkap Shinichi , mereka juga memberinya obat percobaan yang telah mereka buat lalu meninggalkannya begitu saja di pingir jalan .

Namun anehnya Shinichi masih hidup dan sadarkan diri tapi secara mengejutkan tubuhnya menjadi kecil seperti anak berumur tujuh tahun . Walaupun tubuhnya menyusust dan kembali menjadi muda tapi kepintaran otaknya tidak berubah sama sekali. Shinichi pun memutuskan untuk menyebunyikan identitas baru nya , termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya yang merupakan detektif swasta Kogorou Mouri dan menggantikan nama menjadi Conan Edogawa (terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa) .

Anime ini berpusat pada Shinichi Kudou atau sekarang lebih di kenal sebagai Conan Edogawa yang membantu memecahkan berbagai kasus yang dia temui lewat bantuan tubuh nya Kogorou Mouri dengan cara membiusnya . Dan dia juga sambil menyelidiki orang yang bertanggung jawab atas apa yang telah dia lakukan pada dirinya .