Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance berecerita Ketika ancaman ancaman Angels meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia di paksa sampai batas nya dengan NERV berada di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Murniami yang terkenal dari Mari.

Dengan bantuan unit Evangelion mekanis mereka, yang dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk melibatkan lawan mereka yang mengerikan, keempat remaja tersebut berjuang keras untuk melindungi orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Tapi ketika rahasia mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar pahlawan terbukti menjadi monster … atau kemanusiaan itu sendiri?