Fate/Prototype adalah karangan asli dari Kinoko Nasu, yang membuat cerita salah satu waralaba dari Fate / stay night. Berasal dari keluarga penyihir terkenal, Ayaka Sajou diharapkan ikut serta dalam Perang Cawan Suci. Tapi sejak kematian ayah dan saudara perempuannya dalam pertempuran, dia menjadi murung dan tidak mau melibatkan diri dalam perang tersebut.

Tapi dia sadar bahwa dirinya dalam bahaya besar di tangan musuh yang mengikuti perang tesebut. Dan pada akhirnya Ayaka memanggil Pelayannya sendiri bernama Saber. Dengan Saber di sisinya, Ayaka akhirnya menjadi peserta resmi dalam perang yang awalnya sangat ingin dia hindari. Dan di sini semua servent nya cowo, ya Saber Versi Cowo (King Arthur).