Kaizoku Oujo berpusat pada Fena Houtman, seorang gadis yang kehilangan kedua orang tua nya ketika dia masih kecil. Dirinya terdampar di sebuah pulau yang di kuasai oleh kerajaan inggris, dari kecil sampai dia remaja dirinya tinggal di pulau tersebut. Fena menjadi gadis yang cantik jelita ketika dirinya menginjak dewasa dan banyak sekali pria yang ingin mendapatkannya.

Tapi dirinya adalah seorang yang tidak suka di kurung dan ingin bebas keluar pulau untuk mencari keberadaan Ayahnya. Walaupun keliatan mustahil dia merencanakan kabur dari pulau tersebut, tapi siapa sangka hal tersebut berhasil. Di bantu oleh mantan bawahan Ayahnya, dia berhasil keluar dari sana. Dan kebenaran tentang diri dan Ayahnya pun mulai terlihat, ketika dia bertemu dengan teman lama ayahnya. Berbekal batu peninggalan sang Ayah, Fena mulai mencari keberadaan dan rahasia Ayahnya. Dalam petualangannya tersebut, dia di temani oleh satu pasukan elit yang di berikan oleh teman Ayahnya. Dan petualangan Fena mengarungi lautanpun dimulai!