Futakoi bercerita tentang Futami Nozomu dengan ibunya yang baru sudah meninggal dan ayahnya yang bekerja di luar negeri , terpaksa dirinya harus kembali ke kota yang dulu dia tinggali pas masi kecil , untuk bersekolah di sekolah menengah dan bekerja paruh waktu di sebuah kuil . Dia segera menemukan dirinya terjebak dalam legenda lokal gadis kembar yang mencintai pria yang sama . Dan ada banyak gadis kembar di kota ini yang menyukai dirinya ….