Ghost in the Shell: SAC_2045 Season 2 (Koukaku Kidoutai: SAC_2045 S2) musim ke 2 dari anime ini masih melanjutkan petualangan seorang Major Makoto terus berlanjuta. Pada tahun 2045, setelah guncangan ekonomi yang dikenal sebagai Synchronized Global Default, perkembangan AI begitu pesat hingga mendorong dunia memasuki keadaan “Perang Berkelanjutan”. Namun, publik tidak menyadari ancaman AI terhadap umat manusia.

Manusia dengan tubuh robot, Mayor Motoko Kusanagi dan Batou adalah mantan anggota Bagian Keamanan Publik 9 yang sekarang disewa untuk misi di barat Amerika yang hancur. Keadaan semakin rumit setelah kemunculan “post human” yang memiliki kecerdasan ekstrim dan kekuatan fisik yang luar biasa. Para anggota Section 9 kembali lagi bersama-sama menghadapi ancaman baru ini.