Giji Harem akan berpusat pada anak SMA kelas 2 bernama Eiji Kitahama, dia miliki sebuah cita-cita mulia yang di impikan semua wibu di dunia ini. Ya, dia ingin sekali menjadi siswa populer yang memiliki banyak harem atau wanita yang menyukainya. Pada suatu hari dirinya bertemu dengan Rin Nanakura, Rin yang merupakan adek kelasnya dan dia sangat berbakat dalam berakting.

Setelah pertemuan tersebut, Eiji menceritakan cita-citanya itu kepada Rin dan Rin pun ingin mewujudkan keinginannya tersebut. Dengan menggunakan kemampuan beraktingnya Rin dapat menciptakan harem semu berisikan gadis-gadis penuh kasih sayang untuk Eiji. Tapi di balik kasih sayang yang ditunjukkan “gadis-gadis” itu pada Eiji, sebenarnya Rin memiliki sebuah rasa spesial kepada Eiji. Akankah dengan aktingnya itu Rin dapat menebus hati Eiji dan mengukapkan perasaannya?