Grisaia: Phantom Trigger akan melanjutkan dari cerita sebelumnya, yang masih menceritakan para wanita-wanita kopasus. Akademi Mihama, yang dulu jadi tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, sekarang berubah fungsi jadi sekolah pelatihan khusus untuk SORD (Special Organization for Research & Development). Tujuannya? Melatih talenta-talenta muda untuk memperkuat pertahanan nasional.

Di sini, tiap siswa punya keahlian unik. Rena dan Maki jago banget pakai senjata api, Tohka dan Gumi adalah penembak jitu andal, Chris ahli dalam bahan peledak dan pengolahan data, sementara Murasaki adalah ninja ulung yang fokus pada operasi intelijen. Mereka semua bekerja sama menangani kasus-kasus rumit yang bahkan polisi atau Pasukan Bela Diri pun nggak sanggup menyelesaikannya. Misi-misi berbahaya ini penuh risiko dan tantangan, menciptakan kisah seru yang ditulis dengan keberanian, darah, dan mesiu.