Grisaia: Phantom Trigger The Animation – Stargazer bagian ke 2 dari duology Phantom Trigger dan masih melanjutkan cerita sebelumnya. Setelah insiden dengan Heath Oslo, keberadaan dari organisasi anti-teror US-Jepang, CIRS menjadi diketahui oleh publik. CIRS harus membangun ulang semuanya dari awal lagi dan sebagian besar fungsinya dialihkan kepada agensi baru bernama SORD (Social Ops, Research & Development).

Tujuan dari SORD adalah untuk melatih generasi baru yang bisa melindungi negaranya dari ancaman mendatang. Untuk itulah, organisasi ini mendirikan beberapa sekolah di negerinya. Salah satunya Akademi Mihama yang tiba-tiba ditutup pun menjadi dibuka kembali dengan tujuan baru sebagai sekolah pelatihan spesialis.

Akademi Mihama yang dibuka lagi pun menjadi rumah bagi beragam siswa yang setiap hari melatih keahlian mereka dan sesekali langsung terjun ke lapangan. Mihama dipercayakan untuk menampung gadis-gadis tanpa tenpa tinggal lagi dengan memegang senapan dan amunisi. Tanpa mempedulikan keselamatan mereka sendiri, para siswa ini berulang kali terjerumus ke misi di luar hukum yang berbahaya.