Mobile Suit Gundam Wing United Earth Sphere Alliance adalah sebuah organisasi militer yang kuat yang telah memerintah koloni Bumi dan ruang angkasa dengan keras selama beberapa dekade. Ketika koloni mulai memberontak terhadap mereka dengan membunuh pemimpinnya. Sekarang di tahun setelah Kolonial 195, pemberontak kolonial yang pahit telah meluncurkan “Operation Meteor,” mengirim lima mobile gundam yang kuat ke Bumi untuk membalas dendam. Dibuat dari bahan yang hampir tidak bisa dihancurkan yang disebut Gundanium Alloy, “Gundams” ini memulai sebuah serangan terhadap Aliansi dan suborganisasi OZ.

Satu Gundam, yang pilotnya seri utama tokoh ini yaitu Heero Yuy, dipaksa untuk mendarat darurat ke laut setelah pertempuran atmosfer melawan pilot ace OZ Zechs Marquise. Setelah terdampar di darat, dia ditemukan oleh Relena Peacecraft, putri politisi pencari perdamaian, yang menyaksikan turunnya Heero ke Bumi. Meski keduanya tidak menyadarinya, pertemuan ini akan memberi dampak besar pada kehidupan mereka juga kehidupan di Bumi dan di koloni-koloni ruang angkasa.