Gun x Sword Van adalah seorang pendekar pedang bertubuh kurus dan berperangai dingin. Ia tengah melakukan perjalanan untuk membalas dendam atas kematian tunangannya. Satu-satunya petunjuk yang dimilikinya adalah bahwa pelakunya memiliki cakar sebagai tangan, sehingga sosok misterius itu dikenal sebagai Si Manusia Cakar.

Dalam perjalanannya, Van melewati kota Evergreen yang merupakan sebuah kota kecil yang tengah berjuang melawan serangan para bandit yang berniat menjarah. Di sana, Van bertemu Wendy Garret, seorang gadis pemalu yang sedang mencari kakaknya yang diculik. Saat warga kota meminta bantuan Van untuk melindungi mereka, ia menolak mentah-mentah. Baginya, semua itu bukan urusannya. Ia pun pergi, meninggalkan kota menghadapi ancaman sendiri.

Namun tak lama setelah itu, Van justru berpapasan langsung dengan para bandit yang menyerbu. Mereka membuatnya cukup kesal hingga akhirnya ia memutuskan untuk turun tangan. Dalam pertempuran itu, Van mengetahui bahwa para bandit tersebut ternyata memiliki keterkaitan dengan Si Manusia Cakar, dan mereka juga terlibat dalam penculikan kakak Wendy meskipun alasannya masih misterius.

Setelah berhasil mengalahkan mereka, Van memutuskan untuk melanjutkan perjalanan bersama Wendy guna mencari jejak Si Manusia Cakar. Yang belum mereka sadari, sosok berbahaya itu ternyata menyimpan rencana yang jauh lebih kelam daripada sekadar pembunuhan dan penculikan.