Idaten Jump menceritakan kisah Sho Yamato, seorang remaja yang sangat menyukai MTB (Mountain Bike) dan setiap hari berlatih di arena latihan bersama dua temannya — Takumi, seorang mekanik jenius, dan Makoto, pembalap perempuan yang tangguh dan kompetitif.

Suatu hari, Sho menerima tantangan dari tim MTB bernama Shark Tooth. Saat balapan dimulai, kabut hitam misterius tiba-tiba muncul dan menelan mereka, membawa Sho dan teman-temannya ke dunia lain yang disebut Zona X — tempat yang ternyata memiliki hubungan dengan ayah Sho yang telah meninggal.

Di dunia penuh tantangan ini, Sho harus menghadapi berbagai lawan dan rintangan ekstrem demi bertahan hidup serta mencari jalan pulang ke dunia asalnya. Dengan semangat pantang menyerah dan keahlian bersepeda gunungnya, Sho memulai petualangan seru yang penuh aksi, persahabatan, dan semangat kompetisi sejati!