Kaijuu 8-gou Season 2 Musim kedua anime ini masih melanjutkan kisah dari season sebelumnya. Berkat bantuan Isao Shinomiya, Kafka Hibino berhasil lolos dari nasib dijadikan senjata hidup. Saat para rekrutan baru mulai ditempatkan di pos masing-masing, Kafka akhirnya bertemu dengan Jenderal Narumi yang merupakan petarung terkuat di Angkatan Pertahanan sekaligus pemimpin Divisi Pertama.

Untuk membuktikan dirinya pantas, Kafka pun menggunakan kekuatan Kaiju No. 8 agar Gen mau mengakui kemampuannya. Tapi di balik semua itu, ancaman baru mulai mengintai. Kaiju No. 9 bergerak diam-diam dari bayang-bayang, bersiap menghadirkan krisis terbesar yang pernah dihadapi Angkatan Pertahanan.