Karakuri Circus tokoh utama di anime ini adalah Masaru yang baru saja mewarisi kekayaan besar setelah kematian ayahnya . Namun, orang-orang yang ada di sekitar nya berusaha untuk mendapatkan harta peninggalan ayah nya dengan cara apa pun , bahkan jika itu berarti membunuhnya . Narumi membantu Masaru yang di culik dan melawan beberapa pasukan dengan bentuk yang aneh-aneh . Dirinya tau kalau yang menyerang mereka berdua bukanlah manua , tetapi boneka kayu dengan kekuatan luar biasa .

Setelah perjuangan yang keras , Narumi dipaksa mengakui bahwa dia bukan lawan bagi mereka dan ketika dia mulai berpikir bahwa Masaru akan ditangkap . Seorang gadis bernama Shirogane yang merupakan pengamat Masaru datang dari Perancis dengan senjata boneka yang di sebut dengan Arlequin . Dari sini kisah Karakuri Circus akan di mulai !!!