Kotaro wa Hitorigurashi di adaptasi dari sebuah manga seinen yang populer, kisah dari dorama ini memiliki cerita yang sama dengan manganya.

Berpusat pada Shin Karino (Yu Yokoyama) adalah seorang penulis manga yang tidak populer dan dia masih lajang. Ia tinggal di kompleks apartemen yang memiliki aturan melarang anak-anak tinggal di sana. Suatu hari, bel pintu Shin Karino berbunyi. Ketika dia membuka pintu apartemennya, dia melihat seorang anak laki-laki kecil. Anak laki-laki itu adalah Kotaro Sato (Eito Kawahara) yang berusia 5 tahun. Kotaro Sato memberi tahu Shin Karino bahwa dia pindah ke lingkungan itu. Shin Karino membuat wajah aneh, karena aturan komplek apartemennya. Kotaro Sato mengatakan bahwa dia hidup sendiri. Awalnya, Shin Karino kesal dengan Kotaro Sato, tapi penghuni gedung apartemen, termasuk Shin Karino, jadi terikat dengan Kotaro Sato.