Macross Delta Movie: Gekijou no Walkure Ceritanya hampir sama seperti dengan versi TV-nya, tetapi dengan penambahan adegan, serta penyusunan ulang naskah cerita. Film-nya juga disertai beberapa lagu terbaru yang tidak ada di versi TV-nya.

Freyja, seorang gadis suka bernyanyi, yang ingin bergabung dengan Walkure, bertemu dengan Hayate ketika dirinya sedang akan diserang oleh makhluk yang sudah berubah menjadi VAR. Namun, melalui nyanyiannya sendiri, dia berhasil terselamatkan. Lalu, Hayate, pilot delta 5 yang mengetahui keinginan Freyja itu, langsung membawanya audisi untuk bergabung Walkure. Setelah itu, mulailah perjuangan Freyja dan anggota Walkure dalam menyelamatkan dunia dari wabah VAR.