Made in Abyss lagi-lagi jangan liat anime dari cover dan grafis nya . Ceritanya berpusat pada Gua yang sangat besar yang dikenal sebagai Abyss merupakan satu-satunya tempat di dunia yang belum dijelajahi. Tak seorangpun tahu seberapa dalam lubang titanic ini. Di dalamnya dihuni oleh makhluk aneh yang menakjubkan dan penuh dengan benda-benda misterius peninggalan di masa kuno yang tidak dikenal oleh manusia modern. Generasi petualangan pemberani tertarik untuk menjelajahi kedalaman Abyss. Penjelajah lubang berbahaya yang memakan waktu itu dikenal sebagai “Cave Raider”.

Di Oosu, kota yang berada di tepi jurang Abyss, tinggal seorang anak yatim piatu bernama Riko yang bermimpi menjadi Cave Raider yang hebat seperti ibunya. Suatu hari saat menjelajahi gelapnya kedalaman, dia bertemu dengan seorang anak yang ternyata dapat berubah menjadi robot.