Ginga Tokkyuu Milky☆Subway Chiharu, seorang pengguna kekuatan super, dan Makina, seorang cyborg, ditangkap karena mengemudi secara sembarangan di luar angkasa. Sebagai hukuman, mereka ditugaskan untuk membersihkan Milky☆Subway—kereta antarbintang tua yang sudah lama tak digunakan.

Tugasnya terdengar sederhana. Namun kenyataannya berbeda. Tanpa diduga, kereta tersebut tiba-tiba aktif dan melaju dengan kecepatan tinggi, membawa mereka ke dalam perjalanan antargalaksi yang kacau dan tidak terencana. Tanpa arahan, tanpa strategi—mereka hanya bisa mengikuti arus yang terus bergerak.