Mirai Shounen Conan Conan adalah satu-satunya anak yang lahir di Remnant Island, tempat yang dihuni oleh sekelompok pengungsi saat mereka melarikan diri dari gelombang bom magnet yang mengerikan yang memusnahkan sebagian besar umat manusia. Setelah 20 tahun, sebagian besar orang terbuang telah meninggal, kecuali Conan dan orang tua bijak yang membesarkannya.

Percaya Pulau Sisa menjadi tempat berpenghuni terakhir di Bumi, Conan terkejut ketika ia menemukan seorang gadis muda bernama Lana terdampar di pantai suatu hari. Meskipun dia senang mengetahui bahwa umat manusia telah selamat, Lana mengatakan kepadanya bahwa negara Industria ingin dia sebagai sandera untuk memaksa kakeknya, Dr. Lao, untuk menyalakan mesin mereka. Percakapan mereka terputus ketika pilot top Industria, Monsley, tiba-tiba muncul dan menangkap Lana. Bertekad untuk menyelamatkannya, Conan segera berangkat dari Remnant Island dan memulai perjalanan yang pada akhirnya akan menentukan nasib dunia.