UQ Holder! Setelah satu dekade setelah dunia menjadi sangat waspada terhadap keberadaan sihir, dunia tersebut mengalami pergolakan besar. Namun, seorang anak laki-laki yang bernama Touta datang dari desa pinggiran yang jauh dari perubahan tersebut. Kehidupannya yang biasa terasa terang karena keberadaan guru wanita pengguna sihir dan teman-temannya. Saat kehidupannya yang tenang terganggu, akhirnya dia memulai petualangannya yang unik.