Ninin ga Shinobuden Bercerita tentang seorang ninja bernama Shinobu yang bercita-cita menjadi seorang ninja perempuan yang hebat, namun dalam upayanya menjadi ninja yang hebat tersebut tidaklah mudah, Shinobu haruslah melalui berbagai ujian yang sulit dan latihan yang keras. Salah satu ujian yang harus ia lalui yaitu mencuri celana dalam Shinarui Kaede.

Mengetahui bahwa Kaede telah kedatangan ninja tidak waras maka diapun berusaha melindungi harta miliknya mati-matian, namun karena hal tersebut akhirnya Shinobu dan Kaede akhirnya menjadi berteman. Shinobu juga memiliki peliharaan bernama Onsokumaru yang dia anggap elang namun wujudnya yang sangat aneh tersebut membuat orang lain tidak percaya bahwa ia elang. Dan Shinobu juga punya seorang guru yang mirip “Onsokumaru”? Namun sang guru bersikeras bahwa ia bukan Onsokumaru! Bagaimana perjalanan ninja Shinobu menjadi seorang ninja hebat? Saksikan di Ninin Ga Shinobuden!