Onmyou Kaiten Re:Birth Takeru Narihira adalah anak berandalan yang lebih suka berkelahi daripada berteman. Hidupnya terasa datar, kecuali satu hal yang terus menghantuinya—sosok gadis misterius bernama Tsukimiya, yang entah kenapa hanya muncul dalam mimpinya.

Suatu hari, sebuah kecelakaan membuat Takeru jatuh dari tebing. Saat membuka mata, ia mendapati dirinya berada di Denji Heian-kyou—versi futuristik dari ibu kota kuno Jepang, di mana teknologi modern dan kekuatan gaib hidup berdampingan. Kota ini dilindungi oleh onmyouji legendaris, Abe no Seimei. Yang lebih mengejutkan lagi, Tsukimiya ternyata nyata dan tinggal di sana.

Baru saja mulai menikmati takdir barunya, tiba-tiba muncul kabut hitam bernama Yamikaoru yang membawa makhluk-makhluk jahat bernama Oni. Dalam kekacauan itu, Takeru dan Tsukimiya terbunuh. Namun anehnya, Takeru terbangun kembali—masih di Denji Heian-kyou, seolah waktu diulang.

Menyadari bahwa ia punya kesempatan kedua, Takeru pun bertekad untuk mengubah akhir tragis yang menanti Tsukimiya. Ia meminta bantuan Abe no Seimei untuk belajar seni onmyou-jutsu dan menjadi seorang onmyouji. Kini, ia harus melawan takdir, bertarung melawan Oni, dan mengungkap misteri dunia aneh yang terhubung dengan masa lalu dan mimpinya.