Project Scard: Praeter no Kizu anime ini akan berpusat disebuah daerah di Tokyo yang bernama Akatsuki. Tempat tersebut berubah menjadi daerah khusus yang tidak di pedulikan oleh pemerintah dan hukum pun tidak berlaku disana. Hal itu menyebabkan Akatsuki berubah menjadi sebuah Kota yang dihuni oleh; anak yatim-piatu, gelandangan, orang buangan dan para penjahat yang mencari perlindungan disana.

Ada beberapa kelompok yang berusaha menjaga keamanan yang ada di daerah Akatsuki adalah Helios, Artemis dan Biro Khusus Kesatuan Keamanan Publik. Beberapa anggota dari setiap kelompok tersebut memiliki sebuah kekuatan yang dikenal sebagai “Scard”. Mereka yang memiliki kekuatan khusus itu ditandai dengan sebuah Tato yang ada dibadan mereka. Tato tersebut melindungi mereka dari serangan fisik seperti tembakan atau sayatan benda tajam serta membuat mereka lebih kuat dalam bertarung. Inilah para kisah orang-orang yang berusaha menjaga kedamaian di Akatsuki dengan cara mereka sendiri!