Rockman.EXE Beast adalah seri anime yang melanjutkan petualangan Netto Hikari dan partner Net Navi-nya, Rockman.EXE. Kali ini, cerita berfokus pada ancaman dari dunia alternatif bernama Beyondard, yang tiba-tiba terhubung dengan dunia mereka. Dari sana, makhluk-makhluk misterius bernama Zoanoroids, yang merupakan gabungan antara Net Navis dan binatang buas, mulai menyerang.

Netto dan teman-temannya terjebak di Beyondard setelah insiden besar. Di dunia baru ini, mereka menemukan bahwa Beyondard sedang dalam konflik besar antara dua kekuatan: Zoanoroids Gregar dan Zoanoroids Falzar. MegaMan.EXE pun mendapat kekuatan baru yang disebut Beast Out, yang memungkinkannya memanfaatkan kekuatan Gregar atau Falzar, tetapi dengan risiko kehilangan kendali.