Sakugan berlatar belakang diimasa depan, para manusia hidup dibawah tanah yang dalam bernama Labyrinth. Mereka semua hidup secara bahu membahu. Selain itu setiap Labirin memiliki beberapa Koloni. Setiap Labyrinth mempunyai suhu panas yang tinggi, sementara itu tempat lain mempunyai emas dan perak yang menumpuk penuh.

Cerita dari kartun ini akan berpusat pada ayah dan anak, sang anak bernama Memenpu adalah gadis berumur 9 yang sangat jenius. Dia lulus sekolah dan berbagai tes ketika umurnya masih belia, dirinya sendiri mempunya cita-cita ingin menjadi penjelajah labirin. Sedangkan bapak nya bernama Gagumber, dia berkerja di pertambangan koloni mereka dan Gagumber sangat tidak setuju dengan keingin Memenpu untuk jadi penjelajah. Selain dirinya masih kecil, di luar koloni atau di dalam labirin sana terdapat banyak monster yang mengerikan dan bisa membahayakannya kapan saja. Selain masalah tersebut pandangan terhadap segala sesuatu antara bapak dan anak ini selalu bertolak belakang. Yang membuat mereka berdua selalu bertengkar dimana saja.

Tapi pada suatu hari Memenpu mendapatkan sebuah peta yang dia yakini itu adalah jalan menuju suatu tempat dimana keberadaan sang Ibu. Walapun bapaknya tidak mempercayai hal tersebut, tapi melihat kegigihan anaknya. Gagumber mengajak anak nya untuk keluar koloni dan mulai mencari kebenaran dari peta menggunakan sebuah robot khusus. Petualangan sang bapak dan anak pun dalam menyelusuri labirin demi mencari orang yang mereka sayang dimulai!!