Scarlet Nexus di adaptasi dari gim pc yang judulnya sama. Kalender matahari tahun 2020: organisme aneh yang disebut Others mulai memakan manusia. Untuk mengalahkan musuh baru ini, dibentuklah Other Suppression Force. Diselamatkan oleh tim elit ini saat masih anak-anak, psikokinetik Yuito bertahan dari pelatihan untuk mendaftar masuk kesana. Di sisi lain, sang anak berbakat, Kasane, dibina karena kemampuannya. Tapi mimpi Kasane memberitahukan hal-hal aneh kepadanya, menyeret mereka berdua kedalam nasib yang tak terhindarkan.