Shigurui cerita berlatar belakangkan pada awal Era Edo , ketika orang menikmati masa damai , Kaisar Tokugawa Tadanaga mengadakan turnamen pertempuran . Di masa lalu, pertandingan diperjuangkan dengan pedang kayu . Tapi pada turnamen ini yang digunakan adalah pedang yang asli .

Fujiki Gennosuke satu tangan dan buta Irako Seigen akan saling bertarung dalam pertandingan ini . Keduanya adalah murid Iwamoto Kogan , yang dikenal sebagai pendekar pedang terbesar Jepang . Masing-masing bertekad membuktikan dirinya sebagai penerus sekolah Iwamoto . Namun , hanya ada satu juara .