Shinobi no Ittoki berpusat pada Ittoki Sakuraba, dia adalah anak SMA biasa yang menikmati kehidupan SMA. Pada suatu hari ada seorang gadis yang cantik mendekati dia dan mengajaknya pacaran. Sebagai SMA normal dia pun menerima ajakan gadis tersebut, tapi ketika Ittoki datang ke rumahnya ada kejadian yang mengerikan. Dia berusaha di bunuh oleh gadis tersebut dan beberapa orang mencurigakan dengan pakaian ninja.

Setelah selamat dari serangan yang ternyata di lancarkan oleh klan Kouga, sekarang dia baru mengetahui kalau pewaris sah ke-19 ninja Iga. Ittoki awalnya dia hanya anak SMA biasa pun belajar menjadi ninja dan bergabung dalam perang antara klan Iga dan Kouga. Bagaimanakah nasih Ittoki, apakah selamat dari permusuhan kedua keluarga ninja tersebut?