Shironeko Project: Zero Chronicle di adaptasi dari game ponsel pintar dengan judul sama telah diluncurkan di Jepang pada tahun 2014. Dan diluncurkan dalam bahasa Inggris dengan judul Rune Story pada tahun 2015. Versi Inggris game ini berhenti update pada tahun 2016. Seperti yang ditunjukkan judul animenya, anime ini akan mengadaptasi event prolog “Zero Chronicle: Hajimari no Tsumi” (The First Sin) yang memperingati ulang tahun ketiga game-nya.

Di dunia yang terdiri dari banyak pulau, seorang pahlawan muda dari Pulau Astora. Dia bertemu dengan petualang Kyle dan mengikutinya dalam sebuah ekspedisi di pulau itu. Mereka bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Iris dan kucing putih yang berbicara. Dan bersama-sama mereka menuju reruntuhan pulau, di mana mereka menemukan pulau terbang. Kyle menjadi termakan oleh kegelapan di sana, dan partai memutuskan untuk melakukan perjalanan ke ujung dunia di pulau terbang untuk menemukan tujuh “Great Runes,” mengikuti kata-kata Kyle sebelum dia menghilang.