Soul Link berpusat pada seorang pelajar bernama Aizawa Ryota, dia sudah kelas 3 di sekolah khusus angkatan militer . Dan pada tahun 2045, dia pergi ke stasiun luar angkasa Aries, untuk pelatihan dengan teman-teman sekelasnya. Bersama dengan Nagase Saka dan Nittak Kazuhiko. Namun, stasiun tersebut diserang oleh kelompok teroris yang bernama Hallarax. Sekarang mereka semua harus bisa mengalahkan para teroris dan cari cara untuk bisa kembali kebumi.