Spy x Family Season 3 Musim ketiga ini mempertemukan kembali keluarga Forger dalam misi-misi baru yang lebih kompleks dan emosional. Loid Forger, selaku mata-mata dengan nama kode Twilight, terus menjalankan Operasi Strix demi menjaga perdamaian antara negara Westalis dan Ostania. Untuk menyamar, ia hidup sebagai psikiater dan membentuk keluarga palsu dengan Yor, sang pembunuh bayaran yang dikenal sebagai Thorn Princess, dan Anya, anak angkat yang memiliki kemampuan telepati—tanpa satu pun mengetahui rahasia satu sama lain, kecuali Anya yang sudah tahu banyak hal.