Tetsuwan Birdy Decode:02 melanjutkan dari season 1 nya, Birdy dan Tsutomu masih hidup berdampingan dalam tubuh yang sama. Karena Birdy terus melanjutkan sebagai investigasi di federasi dan juga sangat populer di alam semesta maupun di bumi. Tsutomu sediri sih berupaya menyeimbangi kehidupan normal nya di badan Birdy selama mereka masih menyatu.

Tapi ketika sebuah kelompok kriminal yang terhubung dengan insiden Ryunka melarikan diri dari tahanan. Menyembunyikan diri mereka dan identitas alien mereka di Bumi, Birdy dan Tsutomu harus kembali menyelidi dan menangkap penjahat tersebut. Tapi seperti nya mereka harus berhadapan dengan dengan penjahat lain yang memiliki kekuatan yang besar. Gimana kah kisah mereka berdua? Liat aja ckckck