Tobe! Isami adalah anime petualangan yang menceritakan kisah seorang gadis sekolah dasar bernama Isami Hanaoka. Suatu hari, ia menemukan sebuah pesan rahasia dari leluhurnya yang berkaitan dengan Shinsengumi, kelompok samurai terkenal dari masa lalu Jepang. Pesan tersebut mengungkap bahwa keturunannya memiliki tugas untuk melanjutkan perjuangan melawan organisasi jahat.

Bersama dua temannya, Toshiie dan Soshi, Isami membentuk tim yang dikenal sebagai Shinsengumi generasi baru. Mereka menggunakan berbagai peralatan khusus dan kostum ninja untuk melawan organisasi jahat bernama Kurotengu, yang ingin menimbulkan kekacauan di dunia modern.

Sepanjang cerita, Isami dan teman-temannya menghadapi berbagai musuh, teka-teki, dan tantangan yang berbahaya. Dengan keberanian, kerja sama, dan semangat persahabatan, mereka berusaha melindungi orang-orang di sekitar mereka sekaligus meneruskan warisan leluhur Shinsengumi.