Under Ninja Ninja Jepang, yang pada masa lalu pernah makmur, dihapuskan oleh GHQ setelah perang dan menghilang dari mata dunia. Namun, kenyataannya, para ninja masih ada, beroperasi dalam kerahasiaan, jumlah mereka mencapai 200.000. Sebagian dari para ninja elit ini berperan dalam konflik nasional yang sensitif.

Di sisi lain, banyak ninja di ujung hierarki yang terlupakan dan sulit mendapatkan pekerjaan. Salah satu di antara mereka adalah Kurou Kumogakure, yang hidupnya hampir mirip dengan seorang NEET. Namun, setelah sekian lama, akhirnya Kurou diberikan tugas ninja yang serius…!