Yes! Precure 5 GoGo! Cure Rose Garden selalu tersembunyi dari pandangan mata manusia. Flora, penjaga taman rahasia itu, dengan tekun menjaganya dan memastikan bahwa akses ke area terlarang itu tidak pernah terkuak. Namun, Eternal, sebuah organisasi seni terkenal yang mengumpulkan harta karun dan karya seni dari berbagai dunia, tengah berusaha mencuri taman ini. Untuk mencapai tujuannya, mereka pertama-tama menyerbu Kerajaan Palmier dan empat kerajaan lainnya.

Flora, yang merasakan ancaman yang datang, mengirimkan surat kepada Nozomi dan Pretty Cure 5. Misi baru mereka adalah untuk melacak keberadaan empat penguasa yang melarikan diri dari kerajaan masing-masing karena mereka masing-masing memiliki Rose Garden Key, kunci akses ke Cure Rose Garden. Dalam upaya ini, Nozomi dan yang lainnya kembali mendapatkan kemampuan mereka untuk berubah menjadi Pretty Cure 5. Demikianlah dimulai petualangan mereka dalam Yes! PreCure 5 GoGo!, yang juga menandai debut fitur wujud manusia Milk, Kurumi Mimino, dan identitas Pretty Cure-nya, yaitu Milky Rose.