Dream Eater Merry dimulai dengan Yumeji Fujiwara , seorang siswa SMA yang biasa-biasa saja . Tapi sepuluh tahun yang lalu , Yumeji mendapatkan kemampuan untuk melihat aura mimpi orang lain disekitarnya . Kemampuan ini memungkinkan Yumeji untuk memprediksi jenis mimpi yang mungkin dimiliki orang lain . Mimpi orang lain mungkin bukan misteri bagi Yumeji , tapi mimpinya sendiri baru saja membuat dia bingung . Dalam mimpinya , Yumeji telah dikejar oleh tentara kucing yang dipimpin oleh John Doe , yang mengklaim bahwa dia membutuhkan tubuh Yumeji untuk memasuki dunia nyata .

Peristiwa aneh ini menjadi asing saat Yumeji bertemu dengan Nightmare Merry yang merupakan setan impian yang berusaha kembali ke dunianya . Dengan menggunakan kekuatannya , Yumeji memutuskan untuk membantu Merry kembali ke dunianya . Tapi kehadiran Merry di dunia nyata berarti penghalang yang memisahkan mimpi dan kenyataan .